Sau khi ban hành Điều lệ giải bóng đá Vô địch U21 Quốc gia lần thứ 21 năm 2017, Liên đoàn bóng đá Việt Nam đã nhận được công văn xin không tiếp tục tham dự giải của đội U21 Nam Định, U21 Quảng Ninh, U21 Cà Mau và công văn xin tham dự của giải đội U21 Đồng Nai. Căn cứ vào số lượng các đội tham dự và vị trí địa lý, Liên đoàn bóng đá Việt Nam đã có những điều về về bảng đấu tại các bảng.
U21 SLNA gặp nhiều khó khăn ở vòng loại U21 Quốc gia 2017.
Theo đó, U21 SLNA từ bảng B sẽ được chuyển qua thi đấu ở bảng A, nơi có sự góp mặt của hai đội bóng được đánh giá rất cao là U21 Viettel, U21 Hà Nội và FLC Thanh Hóa. Cả hai lò đào tạo này đều được đánh giá rất cao trong công tác đào tạo trẻ của Việt Nam trong những năm gần đây, nên bảng đấu này được coi là vô cùng khó khăn đối với SLNA.
Ở bảng B, U21 Sanna Khánh Hòa BVN sẽ thế chân U21 SLNA thi đấu ở bảng này với sự góp mặt của Thừa Thiên Huế, Quảng Nam, Bình Định và SHB Đà Nẵng. Đáng chú ý là sự trở lại của đội bóng trẻ sông Hàn ở năm nay, sau khi bỏ giải năm ngoái vì thiếu cầu thủ. Được biết, HLV Đào Quang Hùng sẽ bổ sung những cầu thủ đang thi đấu cho đội 1 như A Mít, Phan Văn Long, Trọng Hóa hay Việt Anh để hỗ trợ cho 7 gương mặt vừa thi đấu U17 Quốc gia 2017.
U21 PVF sẽ đụng U21 HAGL ở bảng C.
Tuy nhiên, bảng đấu sẽ thu hút được nhiều sự chú ý nhất sẽ là bảng C khi có sự góp mặt của PVF và HAGL. Ngoài hai đội bóng này thì còn thêm 4 đội khác gồm Bình Phước, Đắk Lắk ,TP. Hồ Chí Minh, Đồng Nai hứa hẹn sẽ tạo nên vòng loại U21 Quốc gia 2017 đầy hấp dẫn và kịch tính.
Cuối cùng, bảng D sẽ do công ty cổ phần bóng đá Long An đăng cai tổ chức sẽ có sự tham gia của 5 đội gồm Long An, Tiền Giang, Cần Thơ, An Giang, Đồng Tháp. Các đội sẽ thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm, sau đó sẽ chọn ra 4 đội đầu bảng và 3 đội có thành tích thứ nhì cao nhất để tham dự VCK ở Bình Dương.
