Như đã biết, với tư cách là đội chủ nhà tại SEA Games 29 năm nay, Malaysia đã đề nghị được đặc cách trong việc lựa chọn bảng đấu ở môn bóng đá nam. Điều này đã nhanh chóng vấp phải sự phản đối mạnh mẽ từ các đội tuyển tham dự, trong đó bao gồm cả Việt Nam.
Trước sức ép phải đón nhận trong suốt thời gian qua, AFF đã quyết định sẽ không thực hiện yêu cầu của Malaysia, đồng nghĩa các đội được xếp thứ tự hạt giống dựa vào thành tích của kỳ SEA Games trước, để bốc thăm, xác định bảng đấu.
Thông báo trước truyền thông về sự việc này, tổng thư ký AFF, thành viên Ban thi đấu AFC Azzuddin Ahmad đã cho biết: "Bốc thăm chia bảng bóng đá tại SEA Games 29 sẽ diễn ra theo quy tắc như tại SEA Games 28 ở Singapore. Đây là quyết định được đưa ra sau buổi làm việc giữa Liên đoàn Bóng đá Malaysia, Liên đoàn Bóng đá châu Á, Ủy ban Olympic Malaysia và Ban tổ chức SEA Games 29."
Theo hình thức này, đội vô địch SEA Games 28 là Thái Lan và chủ nhà Malaysia sẽ được phân về hai bảng đấu. Đội đương kim á quân Myanmar, và đội đoạt HCĐ SEA Games 28, Việt Nam sẽ là một cặp bốc thăm, được chia về hai bảng đấu. Các cặp còn lại cũng được xếp tương tự.
