Nguyễn Văn Toàn bắt đầu đặt chân vào làng túc cầu từ năm 11 tuổi khi nhận được giấy mời nhập học từ Học viện bóng đá HAGL JMG khóa I nhờ thành tích vô địch Nhi đồng toàn quốc năm 2007. Tuy nhiên, con đường theo đuổi bóng đá chuyên nghiệp của cầu thủ người Hải Dương không quá bằng phẳng.
Với những bài tập có độ khó rất cao từ giáo trình của hệ thống đào tạo JMG, Văn Toàn bắt đầu có dấu hiệu đuối sức hơn so với những người bạn đồng trang lứa như Công Phượng, Tuấn Anh. Việc thụt lùi lại trong một thời gian dài khiến Văn Toàn phải “học lại” cùng lứa học viên khóa II. Chính vấp ngã đầu đời này đã khiến Văn Toàn trở nên quyết tâm rèn luyện hơn và nhanh chóng quay trở lại khóa I cùng bạn bè.
Những cố gắng không ngừng nghỉ đã giúp Văn Toàn gặt hái được những trái ngọt đầu tiên khi trở thành một trong những cầu thủ của HAGL nằm trong bộ khung chiến lược của tuyển U19 Việt Nam dưới thời HLV Graechen.
Vào thời điểm đó, U19 Việt Nam đã thật sự tạo nên cơn sốt với thứ bóng đá ấn tượng, trong đó nổi bật lên là ba cái tên Xuân Trường, Công Phượng, Tuấn Anh. Đối với Công Phượng, tiền đạo xứ Nghệ nổi lên với khả năng chơi bóng tuyệt vời những màn trình diễn cảm xúc. Còn Tuấn Anh và Xuân Trường được người hâm mộ nhắc đến như những nhà thiết kế với những đường chuyền chuẩn xác.
Trong khoảng thời gian này, Văn Toàn dường như lép vế hơn so với đồng đội nhưng anh vẫn biết tạo ra thương hiệu riêng khi dành danh hiệu danh hiệu Vua phá lưới giải U19 Đông Nam Á 2013 ở Indonesia và thành thích ghi 4 bàn ở vòng loại U19 Châu Á.
Sau giải đấu này, Văn Toàn tiếp tục khẳng định được vị trí của bản thân ở cấp độ CLB cũng như cấp độ ĐTQG. Ở cấp độ CLB, Văn Toàn nhanh chóng trở thành một trong những trụ cột chính của HAGL trên đấu trường V-League. Với lối chơi chơi xông xáo, máu ăn thua nhưng rất tỉnh táo, mẫu mực, Văn Toàn đã cùng các đồng đội dần đưa HAGL từng bước trở thành một thế lực mạnh cạnh tranh với các ông lớn như Hà Nội FC, FLC Thanh Hóa, Quảng Nam FC, Than Quảng Ninh…
Còn ở cấp độ ĐTQG, trải qua từng thời kỳ, dưới triều đại của các HLV khác nhau như Toshiya Miura, Nguyễn Hữu Thắng, Mai Đức Chung rồi đến Park Hang-seo, Văn Toàn vẫn luôn là sự lựa chọn cho đội hình chính thức.
Bằng sự nỗ lực không biết mệt mỏi, Văn Toàn đã thích nghi, thay đổi, cố gắng hết sức mình để phù hợp với từng vai trò, trong từng hoàn cảnh theo từng yêu cầu của HLV. Hình ảnh Văn Toàn dốc hết sức lực để chạy trong đội hình pressing của U23 Việt Nam trong các trận đấu ở VCK U23 Châu Á đã nói lên được phần nào những cố gắng không ngừng nghỉ của cầu thủ người Hải Dương.
Và thành tích tiếp tục được khẳng định, khi những cố gắng tột cùng của Toàn đã đâm hoa kết trái, thì kết quả đã trở thành hiện thực. Bàn thắng duy nhất của Văn Toàn vào lưới Olympic Syria trong khuôn khổ Tứ kết môn bóng đá nam tại ASIAD 18 đã giúp Olympic Việt Nam vẽ lên bức tranh cổ tích giành quyền bước vào vòng Bán kết. Có thể Văn Toàn không thực sự nổi bật như những người đồng đội nhưng anh luôn biết giải nguy vào đúng thời điểm.
Hy vọng rằng, trong tương lai, Văn Toàn sẽ tiếp tục giữ được phong độ và trở thành một trong những cầu thủ tiềm năng đưa bóng đá Việt Nam dần khẳng định vị thế trên đấu trường quốc tế.